Une nouvelle église pour Molinet voici le rêve de nombreux paroissiens, car l'édifice précédent était très vétuste. Le premier à essayer de concrétiser ce rêve fut l'abbé Alexis Renard. Il évoqua l'idée lors d'un conseil de fabrique, le 28 novembre 1876. Mais faute de moyen le projet ne resta qu'une belle idée, pendant de nombreuses années.
C'est en mai 1985 que le projet trouva un regain nouvel écho avec l'arrivé du nouvel évêque de Moulins : Mgr Dubourg. Il lança une souscription auprès des paroissiens de Molinet, dont il fut le premier souscripteur pour 300 francs. En octobre de la même année Mr Sorin de Bonne écrivit au conseil municipal pour solliciter la construction d'une nouvelle église. Mais ce projet fut rejeter car il n'y avait pas de budget . Cependant, après un don de 10 000 francs de Mlle Sorin de Bonne et d'autres plus modestes de paroissiens, le total des souscriptions s'élevait à 25 300 francs. Le projet de nouvelle église pouvait espérer voir le jour.
En même temps de grands changements s'opéraient dans la commune avec la construction de nouvelles écoles pour filles et garçons, et le transfert du cimetière aux « Champ Bedu ». L'emplacement des écoles divisait la commune et ce fut le préfet de l'Allier qui trancha. Il choisit le plateau du Génétat qui était assez central des différents hameaux de Molinet. Dans ce contexte il semblait important d'implanter l'église au près de ce nouveau centre de Molinet. Mais il fallut la bienveillance de villageoises de Molinet : Mme Bacquelot qui donna un terrain sous condition et Mme Veuve Moranges qui céda une parcelle.
Avec un emplacement et un début de budget il fallait penser à établir les plans de la nouvelle église et de son presbytère et ainsi avoir une véritable idée du coût de ce projet. Ce fut un architecte de Moulins Mr René Moreau qui fut retenu. Il établit les premiers devis en juillet 1886, ils étaient de 41 669,25 francs pour l'église vitrée et dallée et de 13 914,76 francs pour le presbytère.
Le projet fut approuvé par le conseil de fabrique le 25 septembre 1896. Mais le conseil municipal trouvait le devis pour le presbytère trop élevé et avait quelques réserves quant aux conditions de la donation du terrain de Mme Bacquelot . Le projet se trouva donc de nouveau mis en suspend.
C'est en février 1898, qu'il put repartir. En effet le don était devenu sans condition et le devis du presbytère ramené à 10 000 francs, le conseil municipal valida le projet. Mr Sorin de Bonne très investit dans le projet obtient une subvention de 10 000 francs pour la construction de l'église et de 2 000 francs pour celle du presbytère, au près de la direction du culte à Paris, ce qui fut officiel le 15 novembre 1898.
Fin juillet 1899 les premiers travaux commencèrent. Et pour la fête patronale, le 10 septembre 1899, la première pierre fut bénite par M. le chanoine BOUTRY, vicaire général. La bénédiction de l'église eu lieu le 17 juin 1900.
Dans les années qui suivirent , l'église fut agrémenter par différent dons de statues et autres fait par des paroissiens.